京九铁路主要经过以下城市：北京、衡水、霸州、聊城、菏泽、商丘、亳州、阜阳 合肥、巢湖、安庆西、太湖、麻城、九江、南昌、向塘、吉安、赣州、河源、惠州、深圳 和平 龙川 梅州 常平 广州、香港九龙。

京九铁路经过了温带和热带两个自然带。