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科属不同：荠菜属于荠菜属植物；水荠菜属于蔊菜属植物。

生长地方不同：荠菜多生长于农田、荒野和路旁；水荠菜更多生于潮湿环境，如水边、小溪边等。

被毛不同：水荠菜主要是单毛；荠菜大多为星状毛。

荠菜：

荠菜是双子叶植物纲 、十字花科、荠属植物荠的通称，一年或二年生草本，高10-50厘米，无毛、有单毛或分叉毛；茎直立，单一或从下部分枝。基生叶丛生呈莲座状，大头羽状分裂，顶裂片卵形至长圆形，侧裂片3-8对，长圆形至卵形，顶端渐尖，浅裂、或有不规则粗锯齿或近全缘；茎生叶窄披针形或披针形，基部箭形，抱茎，边缘有缺刻或锯齿。总状花序顶生及腋生，萼片长圆形；花瓣白色，卵形，有短爪。短角果倒三角形或倒心状三角形，扁平，无毛，顶端微凹，裂瓣具网脉；种子2行，长椭圆形，浅褐色。

地方上叫香荠，北方也叫白花菜、黑心菜，瑶家叫“禾杆菜”，河南、湖北等地区叫荠荠菜，四川人叫“干油菜”，是一种人们喜爱的可食用野菜。