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大分子水和小分子水的最主要的区别在于缔结分子团的水分子数量不同。通常的水是由10个以上的水分子组成一个水分子团，叫大分子团水。小分子团水，由5至6个水分子缔结而成。

在自然界中水分子不是单个存在的，都是通过氢键结合在一起，小分子水团可以变成大分子水团，是由于水分子是极性分子，电子之间能形成氢键，进而缔结成分子团。